做过ChIP-seq和ATAC-seq的小伙伴想必都知道Motif预测吧,大家觉得比较常用又好用的软件大概就是MEME-ChIP:(http://meme-suite.org/doc/meme-chip.html?man_type=web)组件了吧。网上有很多教软件安装使用的教程,网站分析界面也很友好,所以我们不讲如何使用,而是讲如何看结果。

百迈客根据老师可能的需求,从MEME-ChIP的原始分析结果中提取了精华,提供了较为全面完整的分析结果:

1、每个motif的logo图

2、motif注释结果(JASPAR)

3、MEME注释结果与Peak靶基因的联合结果

4、MEME-ChIP所有的HTML版结果

前三条一般情况下是足够的啦,但是小编就是比较执着,就想看看MEME-ChIP的原始分析结果都是什么,接下来我们就开始吧。

为了方便所有人,小编特意在网站上做了一版,这样想学习的大家都可以复现啦。

先准备数据,这里是一个ATAC-seq预测的Peak数据,我们选取Peak峰周围几百bp的DNA序列作为输入,记住一定要是FASTA格式的数据哦。如果你自己没有的话,网站也提供了示例数据,你可以在这里找到:

然后上传数据,开始分析,小编在这里全部使用默认参数:

点击开始后,就可以耐心等待啦~

一段时间后你就可以从邮箱里找到你的分析结果链接,下载下来解压就是这个样子的:

打开meme-chip。html,接下来就是这样子的:

小结

1、使用MEME-ChIP的时候务必保证输入序列是等长的。

2、MEME-ChIP中嵌套的de novo Motif Discovery工具是MEME和DREME,Motif Enrichment工具是CentriMo和SpaMo,Motif Camparison(Motif注释)软件是Tomtom,Motif Scanning工具是FIMO。

3、MEME和DREME的区别是:MEME用于发现较长的Motif(约21bp);DREME用于发现较短的Motif(约8bp)

4、CentriMo和SpaMo的区别是:CentriMo用于发现Motif(de novo发现的Motif+给定的已知数据库中的Motif)在输入序列上的富集,另外CentriMo要求输入序列等长;SpaMo(Motif间距分析),以Cluster后的Motif作为primary motif,以de novo发现的Motif和给定的已知数据库中的Motif为secondary motif,找到在输入序列上在相对primary motif出现位置的特定距离处富集的secondary motif。

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